Fra Bono, sin Mije, krsnim imenom Ilija, rođen je u Rumbocima 15. veljače 1841. Uočio ga ramski župnik fra Bono Perišić (Fojnica, 1813. – 1887.), dva puta župnik u Rami (1845. – 1846., 1851. – 1855.), poučio u čitanju i pisanju i kao darovita dječaka zajedno sa stričevićem Petrom poslao u fojnički samostan, gdje su 28. travnja 1856. oba stupili u novicijat, uzevši ime fra Bono, odnosno fra Ivan, a u franjevačko odijelo obukao ih je provincijalov delegat fra Jakov Baltić. Jednostavne zavjete položio je u istom mjestu pred fra Bonom Perišićem, delegatom provincijala fra Martina Nedića, 28. travnja 1857. Tri godine fra Bono je bio na studiju u Đakovu (1857. – 1860.), potom je otišao u biskupsko sjemenište u Egeru (Mađarska), gdje je s najboljim uspjehom završio teološke nauke. Kao odličan student omilio je egerskom gvardijanu Furdeku i nadbiskupu Béli Bartakoviču, te su mu oni poklonili mnogo knjiga kako bi ih ponio sa sobom u Bosnu za daljnju teološku naobrazbu. Fra Bono je zaređen za prezbitera 1. studenoga 1863. Mladu misu proslavio je na groblju u Rumbocima 15. studenoga 1863.

Prema upisu u Matične knjige krštenih župe Bugojno fra Bono je župni vikar u Bugojnu od 26. studenoga 1863. do 6. siječnja 1864., a potom župni vikar u Rami do 2. prosinca 1866., kada je imenovan učiteljem novaka u Fojnici. Ondje djeluje pet godina (1866. – 1871.). Apostolski vikar fra Paškal Vujičić uzeo ga je za osobnog tajnika 1871. i boravi u rezidenciji u Brestovskom, ali tu je službu zbog slaba zdravlja obavljao samo godinu dana. Bio je zatim župnik u Rami (1872. – 1873.), gdje je čekao ferman i skupljao građu za gradnju crkve. Nakon godinu dana, nevješt gradnji i slaba zdravlja, zamolio je starješinstvo Provincije za premještaj sa Šćita. Imenovan je župnikom u Trišćanima, danas župa Gračac, gdje je proboravio tri godine (1873. – 1876.). Kad su Mađari na silu premjestili bosanske franjevačke bogoslove iz Đakova u Ostrogon, Milišić im je kao iskusan odgojitelj 1876. postavljen za odgojitelja. Iz Ostrogona je sljedeće godine, u najkritičnije i najpogibeljnije vrijeme promjene režima i zaposjednuća Bosne i Hercegovine od strane austrougarske vojske, došao za gvardijana u Fojnicu. Godine 1878. dva puta je od branitelja dotadašnjeg režima strahovao…